精算払い

精算払いとは

精算払い（後払い）は、補助事業者が補助対象経費を いったん全額支払い、事業の完了後に実績報告書を出し、確定検査で補助金の額が確定してから補助金を受け取る方式です。国の補助金の手続きは、補助金適正化法で実績報告（14条）、額の確定（15条）の順に定められており、精算払いの制度では額が確定してから支払われます。

入金までの期間は、事業期間の長さで大きく変わります。たとえば小規模事業者持続化補助金（第20回）は、採択発表が2027年3月頃の予定で、補助事業の実施期限が2028年3月31日、実績報告の期限が2028年4月10日です。事業期間をいっぱいに使うと、採択から入金まで1年を超えます。

精算払いの流れ

1. 採択 → 交付決定
2. 発注・契約、納品、取引先への支払い（ここで全額を立て替える）
3. 実績報告書の提出
4. 確定検査（書類の審査と、必要に応じた現地調査）
5. 補助金の額の確定・通知
6. 補助金の請求
7. 補助金の支払い

立替え額の考え方

立て替える額は補助対象経費の 全額で、補助率には左右されません。

制度別の事業期間と報告期限（2026年9月時点）

立替えが続くのは、発注・支払から補助金が入金されるまでです。入金の時期は、事業期間、実績報告、確定検査（助成金は支給審査）にかかる期間で決まります。公募要領に「入金まで何か月」と書かれていない制度がほとんどのため、当サイトでは月数の目安を載せていません。公表されている期間・期限は次のとおりです。

事業期間が長い制度ほど、立替えが続く期間も長くなります。支給申請や実績報告の後の審査にかかる期間は、多くの制度で公表されていません。

立替え額は「税込」で用意する

課税事業者は、消費税等仕入控除税額を補助対象経費から減額して申請します（持続化補助金 第20回・新事業進出・ものづくり補助金 第1回 公募要領）。一方で取引先には消費税を含めて支払うため、用意する現金は税込の金額です。税抜1,000万円の設備に標準税率10%の消費税がかかる場合、支払うのは1,100万円です。

受け取った補助金は課税対象

持続化補助金（第20回）の公募要領は、補助金を「補助金の額の確定を受けた事業年度における収益」として計上し、法人税・所得税の課税対象になるとしています。新事業進出・ものづくり補助金（第1回）の公募要領も、支払を受けた事業年度の収入として計上し、法人税等の課税対象になるとしています。

固定資産の取得に充てた補助金は、圧縮記帳で受け取った年の課税を繰り延べられる場合があります。適用できるかは顧問税理士に確認してください。

概算払いとの違い

一部の補助金には 概算払い が認められるものがあります。額が確定する前に見込みの額で補助金の一部を受け取り、事業完了後に精算する仕組みで、受け取りすぎた分は返納します（会計法22条・予算決算及び会計令58条4号）。取引先へ代金を先に払う「前払い」とは別物です。使えるのは公募要領・交付規程に定めがある制度だけなので、最新の公募要領で確認してください。

→ 精算払い・概算払い・前金払いの違いは概算払いの早見表にまとめています。

立替えへの備え

• つなぎ融資を申請前から金融機関に相談する（採択や交付決定は融資を保証しません）
• 自己資金で立て替えられる事業規模に計画を合わせる
• 取引先と支払条件を相談する場合も、補助事業期間内に支払いを終える必要がある（持続化補助金 第20回は、補助事業期間中に支払いが完了した経費だけが対象）

よくある誤解

• 「採択されたら入金される」→ 入金は実績報告書と確定検査のあとです。
• 「補助率1/2なら半額の用意でよい」→ 立て替えるのは 事業費の全額（税込）です。
• 「もらった補助金は全額使える」→ 課税対象です。納税分を残しておく必要があります。

→ 詳細は 補助金の立替えキャッシュフローリスク

公式情報

• 補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（e-Gov法令検索）
• 小規模事業者持続化補助金 第20回 公募要領（第8版）
• 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第1回 1.2版）
• デジタル化・AI導入補助金2026 公式サイト
• 中小企業省力化投資補助金（一般型）公募要領（第8回）
• 令和8年度 業務改善助成金のご案内（厚生労働省）
• 事業承継・M&A補助金 16次公募 公募要領（事業承継促進枠）
• キャリアアップ助成金（厚生労働省）
• 人材開発支援助成金 人材育成支援コース パンフレット（厚生労働省）
• 会計法（e-Gov法令検索）・予算決算及び会計令（e-Gov法令検索）

最終確認日: 2026年9月15日