補助金採択後の事務処理チェックリスト

結論

補助金は採択後に 15項目の事務処理を確実にこなす必要があります（2026年9月時点）。

採択から入金までは長期になります。持続化補助金第20回は実績報告の期限が2028年4月10日です。新事業進出・ものづくり補助金は、事業実施期間（採択発表日から12か月以内、新事業進出枠・グローバル枠は16か月以内）と実績報告の期限から見て、採択から入金まで1年を超えることがあります。途中で手続きが漏れると、対象外の経費として減額されることがあります。

1. 採択後の15項目チェックリスト

Phase 1: 採択直後（採択発表〜交付決定）

✅ 1. 交付申請（見積書等の提出）

期限を確認（新事業進出・ものづくり補助金は原則、採択発表日から2か月以内）
持続化補助金は、交付決定までに全経費分の見積書等を提出（1件50万円（税込）を超える発注は2者以上の見積もり）
新事業進出・ものづくり補助金は、1件50万円（税抜）以上の発注に3者以上の見積もり
事業計画・経費明細の最終確認

新事業進出・ものづくり補助金は、交付申請の精査で交付決定額が減額されることがあり、補助下限額（革新的新製品・サービス枠100万円、新事業進出枠・グローバル枠750万円）を下回ると採択取消になります。

✅ 2. 交付決定の受領

時期を確認（持続化補助金第20回は採択発表から概ね1〜2か月）
交付決定の通知を保存
事業実施期間（補助対象期間）の確認

交付決定より前の発注・契約・支払は、原則として補助対象外です。例外は制度ごとに決まっています（持続化補助金の展示会の出展申込、東京都創業助成金の賃借料・従業員人件費の契約など）。

→ 補助金「交付決定前」発注の落とし穴

Phase 2: 事業実施前準備（交付決定直後）

✅ 3. 発注・契約（交付決定後！）

申請時の見積に従って発注書を作成
取引先と契約書を締結（交付決定日以降の日付）
発注書・契約書のコピーを保管

✅ 4. 進捗管理体制の構築

月次進捗確認の仕組み（責任者・頻度・記録方法）
取引先との連絡体制
認定支援機関・商工会議所との継続関係

✅ 5. 証憑整理の仕組み構築

フォルダ構成の整備（経費区分別）
スキャナ・PDFツールの準備
経費簿（簡易会計）の準備

推奨フォルダ構成

/[補助金名]_[年度]/
  /契約書類/
  /発注書/
  /納品書/
  /請求書/
  /領収書 + 通帳コピー/
  /成果物写真/
  /効果測定レポート/
  /実績報告書ドラフト/
  /賃金台帳（賃上げ系）/
  /変更承認関連/

Phase 3: 事業実施中

✅ 6. 取引先との支払い管理

取引先へ全額支払い（事業者立替え）
振込履歴を通帳でコピー
領収書 / 振込証明書を取得
支払い時期の補助対象期間内確認

✅ 7. 計画変更の手続き（必要時）

経費の内容・金額・スケジュールを変える前に、承認が必要な変更かを交付規程・事務局の手引きで確認
判断に迷う変更は、実施する前に事務局へ相談
計画変更承認が必要なら、承認を受けてから実施

✅ 8. 事業実施・検収

取引先からの納品・サービス提供完了
検収書の取得
成果物の写真撮影（多角度・全景）
動作確認（設備の場合）

Phase 4: 実績報告書準備

✅ 9. 実績報告書ドラフト作成

提出期限を確認（持続化補助金第20回は、補助事業の終了日から30日を経過した日と2028年4月10日のいずれか早い日。そのほかの制度は交付規程・事務局の手引きで確認）
経費明細の最終版作成
計画書との差異説明（あれば）
成果の記録（売上推移など）

✅ 10. 添付書類の整理

発注書・契約書（交付決定後の日付）
納品書・検収書
請求書
領収書（または振込明細）
通帳コピー（振込履歴）
成果物写真
賃金台帳（賃上げの要件がある場合）

✅ 11. 実績報告書の提出

交付規程・事務局の手引きが指定する方法で提出
事務局からの問い合わせに速やかに対応

Phase 5: 確定検査・振込

✅ 12. 確定検査対応

書類審査での指摘への対応（補正資料提出）
必要に応じて現地検査対応
帳簿・証憑の閲覧対応
質問への文書回答

✅ 13. 補助金額の確定

確定の通知を受領
確定額の確認（減額があれば理由を確認）

✅ 14. 請求

確定後、所定の手続きで補助金を請求
振込先口座の確認

✅ 15. 入金確認と書類の保存

補助金の入金を確認
仕訳・税務処理（税理士に確認）
交付規程で定められた期間、書類を保存

入金後も続く報告

持続化補助金: 補助事業の終了から1年後に「事業効果等状況報告」
新事業進出・ものづくり補助金: 補助事業完了年度の終了後を初回として、翌年度以降5年間、毎年「事業化状況報告」で事業化や付加価値額の状況を報告（賃上げなどの要件の達成状況もここで確認される）

2. 採択後の落とし穴

落とし穴1: 交付決定前の発注

最も避けたい失敗です。交付決定を受けるまで発注・契約・支払をしないでください。

落とし穴2: 発注書・契約書の日付

交付決定日以降の日付で作成します。日付をさかのぼって作ることは認められません。

落とし穴3: 支払方法

持続化補助金は、1取引10万円（税抜）を超える現金払いが対象外です。支払の記録が残る銀行振込が確実です。

落とし穴4: 期間外の支払

決められた期間内に 検収・支払まで終えます。期間外の支払は対象外です。

落とし穴5: 成果物の記録不足

成果物を確認できる状態にし、写真などの記録を残してください。確認できない経費は対象外と判断されることがあります。

落とし穴6: 事業終了後の報告を忘れる

持続化補助金の事業効果等状況報告、新事業進出・ものづくり補助金の事業化状況報告など、入金後にも報告義務があります。

落とし穴7: 計画変更の手続きの遅れ

承認が必要な変更を、承認前に実施しないでください。必要かどうか迷ったら、実施前に事務局へ相談します。

落とし穴8: 実績報告の期限

期限は制度ごとに決まっています。持続化補助金第20回は、補助事業の終了日から30日を経過した日と2028年4月10日のいずれか早い日です。

落とし穴9: 賃上げの要件を達成できない

新事業進出・ものづくり補助金: 給与支給総額の目標を従業員に表明しないと全額返還、目標未達は未達率に応じた返還
持続化補助金の賃金引上げ特例: 要件を1つでも欠くと補助金全体が交付されない

落とし穴10: 書類の保存漏れ

入金後も、確定検査後の確認や報告で書類が必要になります。交付規程で定められた期間、整理した状態で保存してください。

3. 公表されている採択後の日程

段階	持続化補助金第20回	新事業進出・ものづくり補助金第1回
採択発表	2027年3月頃（予定）	2027年1月（予定）
交付申請・見積書	交付決定までに見積書等を提出（提出期限 2028年2月29日）	原則、採択発表日から2か月以内に交付申請
交付決定	採択発表から概ね1〜2か月	交付申請の後
事業実施	実施期限 2028年3月31日	交付決定日から10か月以内（新事業進出枠・グローバル枠は14か月以内）
実績報告	期限 2028年4月10日（事業終了日から30日を経過した日のほうが早ければその日）	補助事業の完了日から30日を経過した日と補助事業完了期限日のいずれか早い日まで
支払	実績報告・確定検査の後	確定検査で補助金額が確定し、精算払請求をした後（事業実施期間と実績報告の期限から見て、採択から1年を超えることがある）
その後の報告	事業終了から1年後に事業効果等状況報告	補助事業完了年度の翌年度以降5年間、毎年の事業化状況報告

発注の時期や、確定検査から入金までの期間は公表されていないため、表には載せていません。

4. 採択後の体制で必要な人材

役割	担当範囲
事業責任者	全体管理・期限の管理
経理担当	証憑整理・経費処理
税理士	税務処理（圧縮記帳など）
商工会・商工会議所（持続化補助金）	手続きの相談
依頼している専門家	計画変更などの相談

5. よくある質問

Q. 採択後に事業を諦めたい場合は？

A. 早めに事務局に連絡し、所定の手続きをとってください。それまでに支払った経費は自己負担です。

Q. 計画変更はどこまで可能？

A. 変更できる範囲と、承認が必要な変更は、制度の交付規程・事務局の手引きで決まっています。実施する前に事務局へ相談してください。

Q. 実績報告書の作成にかかる時間は？

A. 公式の目安はありません。経費の件数と証憑の整理状況で大きく変わるため、交付決定の直後から書類を整理しておくと負担を減らせます。

Q. 確定検査で減額された場合の対処は？

A. 減額の理由を事務局に確認し、次の申請や経理の仕組みに活かしてください。

Q. 保存する書類は紙とPDFどちら？

A. 保存の方法と期間は、制度の交付規程・事務局の手引きで確認してください。

6. 情報源

最終確認日: 2026年9月15日／編集: 補助金・助成金リアリティ編集部

補助金 採択後にやることチェックリスト｜交付申請から入金まで15項目

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